Сюжет игры вращается вокруг главного героя по имени Артём в виде истории, напечатанной им на древней пишущей машинке. Он родился за несколько лет до разрушившей все ядерной войны, которая началась по неизвестной причине и стерла с лица земли современную цивилизацию, оставив около 40000 выживших людей на обуглившихся развалинах, а самого Артёма оставила сиротой (по сюжету книги мать Артёма всё же пережила войну, однако погибла во время нашествия крыс на одну из станций). Москва, где разворачиваются события игры, также была превращена в руины, а тем немногим, кто выжил, повезло избежать смерти, лишь укрывшись в московском метро.

В игре существуют две возможные концовки. В ходе игры игроку предстоит несколько раз сделать свой выбор, например, помогать или нет нищему, подавая ему патрон, скрытно пробираться через станцию или прорываться с боем и так далее. Такие ключевые места отмечаются вспышкой света (Чтобы не пропустить ключевые моменты в игре, можно в настройках игры поставить галочку Подсказки.).
Обычная концовка — самая распространенная. Для её достижения необходимо просто следовать основному сюжету игры, игнорируя второстепенные задания. В конце на логово Чёрных неизбежно последует ракетная атака.
Альтернативная концовка — для её достижения необходимо потрудиться. Нужно выполнить второстепенные задания и проявлять доброту по отношению к встречающимся на пути Артёма людям.
Если игрок сделал достаточно великодушных выборов, то на Башне прозвучит фраза Хана с главы «На Спарту», а игрок получит возможность сбить выстрелом лазерный целеуказатель, тем самым спасая Черных от ракетного удара. После чего рассказывается, что Черные не нападали на людей, а лишь желали вступить с ними в контакт, и они желают лишь мира между двумя ветвями одного вида.
Заключительный монолог Артёма зависит от выбранной концовки. В случае обычной концовки Черные воспринимаются Артёмом в качестве угрозы, и после активации целеуказателя он не сомневается в необходимости уничтожения Черных. Если же Черных пощадить, то Артём рассказывает о своем внезапном осознании того, что его психические галлюцинации, которые Артём испытывал на протяжении всей игры, фактически были попытками Чёрных установить мирный контакт. Затем он говорит о необозримом, но полным надежды будущем для обеих рас.